CNPq

O CNPq passa por uma fase de transição com a transferência de várias das suas funções para oentão, MCT, o que permite intensificar os esforços na atividade de fomento científico e tecnológico e incentivando, também, a inovação abrindo campo para a iniciativa empresarial privada. Além disso, com a inserção cada vez mais premente da função social na produção tecnológica e científica a missão do CNPq foi repensada. Dessa forma, em 1995 foi instituída a nova missão do CNPq: Promover o desenvolvimento científico e tecnológico e executar pesquisas necessárias ao progresso social, econômico e cultural do País.
Nesta década, a RNP passa a oferecer o acesso comercial à internet, e forma a espinha dorsal de comunicação de dados em todo o País. Ainda na área de informação, foi instaurado o Programa Nacional de Software para Exportação - SOFTEX-2000 e o Programa Temático Multiinstitucional em Ciência da Computação - PROTEM-CC. Com a regulamentação da Lei nº 8.248/91, em abril de 1993, a Política Nacional de Informática (PNI) mudou de direção e deixa de basear-se na reserva de mercado para, a partir de então, competir em um mercado aberto e na livre produção.  Nos anos 90, o CNPq cria instrumentos fundamentais para as atividades de fomento: a Plataforma Lattes e o Diretório dos Grupos de Pesquisa. Tais instrumentos têm papel central na avaliação, acompanhamento e direcionamento para políticas e diretrizes de incentivo à pesquisa.

A criação da Plataforma Lattes estabeleceu a adoção de um padrão nacional de currículos e resultou na maior transparência e confiabilidade às atividades de fomento da Agência. Dado seu grau de abrangência, as informações constantes da Plataforma Lattes podem ser utilizadas tanto no apoio a atividades de gestão, como no apoio à formulação de políticas para a área de ciência e tecnologia.  Já o Diretório dos Grupos de Pesquisa constitui-se em bases de dados (censitárias e correntes) que contêm informações sobre os grupos de pesquisa em atividade no País. Tem três finalidades principais: instrumento para o intercâmbio e a troca de informações; caráter censitário no auxílio de planejamento estratégico ao fomento, e por fim, constituir base de dados importante papel na preservação da memória da atividade científico-tecnológica no Brasil.

Diversos projetos foram apoiados pelo Programa de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - PADCT, pelo Programa de Formação de Recursos Humanos para o Desenvolvimento Tecnológico - RHAE, e pelo Programa de Competitividade e Difusão Tecnológica - PCDT. Outros projetos também merecem destaque como a criação do Projeto Mamirauá, reserva de desenvolvimento sustentável com 260 mil hectares no meio da floresta amazônica. A década de 90 foi marcada por diversos programas como:

• O Programa Studies on Human Impact on Forests and Floodplains in the Tropics - SHIFT;
• Programa do Trópico Úmido - PTU;
• O Programa Antártico Brasileiro - PROANTAR;
• Programa de Apoio às Tecnologias Apropriadas - PTA;
• O BIOEX - Programa Biotecnológico de Apoio à Competitividade Internacional da Agricultura Brasileira;
• Programa REVITE - Revitalização dos Institutos Tecnológicos, concebido para apoiar as reformulações necessárias nos institutos tecnológicos.

Também foi intensificada a atividade de cooperação internacional com diversos países, tendo destaque a América Latina com o CYTED, Programa Iberoamericano de Ciencia Y tecnología para el Desarrollo.

O CNPq, atualmente, é uma Fundação, vinculada ao Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações (MCTIC), com a finalidade de apoiar e estimular a pesquisa brasileira. Contribuindo diretamente para o desenvolvimento de pesquisas em áreas estratégicas e para a formação de pesquisadores (mestres, doutores e especialistas em várias áreas de conhecimento), o CNPq é, desde sua criação até hoje, uma das maiores e mais sólidas estruturas públicas de apoio à Ciência, Tecnologia e Inovação (CT&I) dos países em desenvolvimento.

Os investimentos feitos pelo CNPq são direcionados tanto para a formação e absorção de recursos humanos quanto para financiamento de projetos de pesquisa - que funcionam por meio de demanda espontânea (dos próprios pesquisadores) ou de demanda induzida (com financiamentos destinados via edital) - que contribuem para o aumento da produção de conhecimento e da geração de novas oportunidades de crescimento para o país.

Institutos de C&T criados no CNPq

Nos primeiros anos, o CNPq buscou intensificar o intercâmbio entre os pesquisadores e instituições do país e do exterior por meio de convênios e encontros científicos, o que colaborou para que houvesse uma grande troca de informações e conhecimentos. Além do financiamento direto a pesquisadores e instituições, o CNPq foi responsável pela criação e manutenção de vários institutos de pesquisa. Ainda na primeira década de atuação do Conselho foram criados diversos institutos, que atualmente não estão mais sob a coordenação do CNPq, os quais eram responsáveis pela execução do trabalho de investigação científica e tecnológica, tais como:

• Instituto de Matemática Pura e Aplicada (IMPA). Criado no CNPq em 1952.
• Instituto de Pesquisas da Amazônia (INPA), que incorporou o Museu Emílio Goeldi (MPEG). Criado no CNPq em 1952 e implementado em 1954. 
• Museu Paraense Emílio Goeldi (MPEG). Fundado em 1866, administrado pelo INPA desde 1954, constitui-se unidade autônoma do CNPq em 1983.
• Instituto de Bibliografia e Documentação (IBBD). Criado em 1954, depois transformado em Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia (IBICT) em 1976.
• Instituto de Pesquisas Rodoviárias (IPR). Criado em 1957, posteriormente, em 1972 foi transferido para a jurisdição do Departamento Nacional de Estradas e Rodagens (DNER), e atualmente está vinculado ao Departamento Nacional de Infra-Estrutura de Transportes (DNIT).
• Grupo da Comissão Nacional de Atividades Espaciais (GOCNAE). Criado em 1961, o qual foi transformado, em 1971, em Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE), igualmente subordinado ao CNPq.
• Centro de Estudos em Política Científica e Tecnológica (CPCT). Criado em 1984 e extinto em 1990.

Entre as décadas de setenta e noventa, foram incorporados outros institutos:

• Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas (CBPF), criado em 1949 foi integrado ao CNPq em 1976.
• Observatório Nacional (ON), criado em 1827 por D. Pedro I e incorporado ao CNPq em 1976.
• Centro de Tecnologia Mineral (Cetem), criado em 1978 e incorporado ao CNPq em em 1988.
• Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), criado em 1980, originário do CBPF. 
• Museu de Astronomia e Ciência Afins (MAST), criado em 1982 no âmbito do Observatório Nacional, em 1985 tornou-se Unidade de Pesquisa do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).
• Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS). Durante 10 anos (1987-1997), o Ministério da Ciência e Tecnologia (MCT) e o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) investiram na implantação do Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS).
• Laboratório Nacional de Astrofísica (LNA) antigo Laboratório Astrofísico Brasileiro criado em 1961 e incorporado ao CNPq em 1989.
• Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá (IDSM) Projeto Mamirauá criado em 1990 como Estação Ecológica foi incorporado ao CNPq em 1999 como Instituto de Desenvolvimento Sustentável.

Por força do Decreto n° 3.567, de 17 de agosto de 2000, posteriormente revogado pelo Decreto nº 4.728, de 9 de Junho de 2003, as unidades de pesquisa acima referidas seriam transferidas do CNPq para o então, Ministério de Ciência e Tecnologia.